優化磨料水射流切割需要注意手頭的特定情況，但可以提供出色的生產率提升。使用小刀頭（例如 25-hp 刀頭）切割 0.100 英寸以下的材料。切割大于 0.020 英寸的氣隙是不明智的，因為射流會在間隙中打開并粗略地切割較低的水平。將材料片材緊密堆疊在一起可以防止這種情況發生。以每英寸成本（即系統制造的零件數量）而不是每小時成本來衡量生產率。 事實上，快速生產對于攤銷間接成本是必要的。

經常刺穿復合材料、玻璃和石頭的水刀應該有能夠降低和提高水壓的控制器。 真空輔助和其他技術提高了在不損壞目標材料的情況下成功刺穿脆性或層壓材料的可能性。

只有當物料搬運占零件生產成本的很大一部分時，物料搬運自動化才有意義。 磨料水射流機器通常使用手動卸載，而板材切割主要使用自動化。

普通自來水為大多數水刀系統供水，90% 的水刀操作員在將水送入入口過濾器之前除了軟化水外不進行任何準備工作。 使用反滲透和去離子器凈化水可能很誘人，但去除離子會使水更容易從泵和高壓管道中的金屬中吸收離子。 它可以延長節流孔的壽命，但高壓氣缸、止回閥和端蓋的更換成本要高得多。

水下切割可減少磨料水射流切割頂部邊緣的表面結霜（也稱為“起霧”），同時還大大降低了射流噪音和工作場所的混亂。 然而，這確實會降低噴氣機的能見度，因此建議使用電子性能監控來檢測與峰值條件的偏差并在任何部件損壞之前停止系統。